W 1668 roku Adam Konarzewski sprowadził na Świętą Górę filipinów z Kongregacji Oratorium św. Filipa Neri, pierwszą taką wspólnotę w Polsce, która opiekuje się sanktuarium do dziś. Obecny kościół wzniesiono w latach 1675-1698 jako wotum Konarzewskiego. Po jego śmierci budowę prowadziła wdowa Zofia z Opalińskich, która po podróży do Włoch zdecydowała się na wzór weneckiego kościoła Santa Maria della Salute według projektu Baldassarre Longheny. Kopułę z latarnią dobudował w latach 1726-1728 Pompeo Ferrari; ma około 17 m średnicy i należy do największych w Polsce. Wnętrze to ośmioboczna nawa z obejściem i sześcioma kaplicami. Od 1971 roku kościół jest bazyliką mniejszą, a w 2008 roku zespół klasztorny uznano za pomnik historii.