Osią każdego dnia w Medziugoriu jest wieczorny program modlitwy w parafii. Składa się z różańca, Mszy św. i modlitw po Mszy, prowadzonych głównie po chorwacku z tłumaczeniem na wiele języków. Według ogłoszeń parafii w okresie letnim (od czerwca do sierpnia) różaniec zaczyna się około 18:00, a Msza około 19:00; zimą godziny są wcześniejsze. W wybrane dni tygodnia po Mszy odbywa się adoracja Najświętszego Sakramentu przy ołtarzu zewnętrznym, a w piątki adoracja Krzyża. Dni i godziny zmieniają się w zależności od pory roku, dlatego warto sprawdzić aktualny program na stronie parafii. W ciągu dnia pielgrzymi mają też czas na sakrament pokuty: przy kościele działa wiele konfesjonałów, w których spowiadają kapłani w różnych językach, także po polsku.