W programie typowej pielgrzymki jest zwykle dzień lub kilka godzin bez stałych punktów. Pielgrzymi wykorzystują je na indywidualną modlitwę w kościele, adorację w kaplicy, ponowne wejście na Podbrdo lub Kriżevac albo spokojną spowiedź. Grupy często spotykają się też na Mszy w języku polskim i na konferencji duszpasterza. Nota Dykasterii Nauki Wiary podkreśla, że do Medziugorja przyjeżdża się, aby spotkać Chrystusa i Maryję przez słowo Boże, Eucharystię i adorację, a nie aby spotkać domniemanych widzących. Jako owoce tego miejsca dokument wymienia nawrócenia, powroty do sakramentów i powołania. Niektóre biura dodają w tym czasie wycieczkę fakultatywną po okolicy Hercegowiny; jej zakres i koszt warto sprawdzić w programie konkretnego wyjazdu.