Pielgrzymka zaczyna się na Placu św. Piotra, otoczonym kolumnadą Berniniego. Bazylika stoi nad miejscem pochówku apostoła Piotra; pod ołtarzem papieskim, nad którym wznosi się baldachim Berniniego, znajduje się Konfesja z zejściem w stronę grobu. Pod kopułą zaprojektowaną przez Michała Anioła pielgrzym może zatrzymać się przy Pietà, umieszczonej w pierwszej kaplicy po prawej stronie, oraz przy grobach papieży, m.in. św. Jana Pawła II w kaplicy św. Sebastiana. W Grotach Watykańskich pod posadzką bazyliki spoczywają kolejni papieże. Przy wejściu znajduje się Porta Święta, zamknięta 6 stycznia 2026 r. na zakończenie Jubileuszu 2025; w 2026 r. pozostaje zamknięta. Wejście jest bezpłatne, poprzedzone kontrolą bezpieczeństwa; płatne jest natomiast wejście na kopułę. W środy rano odbywa się zwykle audiencja generalna, a w niedzielę w południe modlitwa Anioł Pański, co wpływa na dostępność placu i bazyliki.