Kalwarię założył w 1628 roku proboszcz pakoski ks. Wojciech Kęsicki, który wytyczył pierwsze dróżki według opisu Jerozolimy Christiana Adrichomiusa i oznaczył stacje drewnianymi krzyżami. Fundację zatwierdził biskup w 1631 roku, a 22 grudnia tego roku opiekę objęli franciszkanie reformaci. Ich klasztor z kościołem św. Bonawentury zbudowano w XVII wieku z wykorzystaniem murów XIV-wiecznego zamku. W 1671 roku sprowadzono do Pakości relikwie drzewa Krzyża Świętego, których kult potwierdzono 12 września tego roku; to dziś największa cząstka tej relikwii w Polsce. Po kasacie w 1832 roku franciszkanie wrócili do Pakości w 1931 roku. W 2000 roku kalwarię ustanowiono sanktuarium, a w 2018 roku Archidiecezjalnym Sanktuarium Męki Pańskiej.