Bazylika słynie z zabytkowych organów, zbudowanych w latach 1680-1682 i 1686-1693 przez Stanisława Studzińskiego z Przeworska i Jana Głowińskiego z Krakowa, z fundacji rodziny Potockich. Instrument przebudował w latach 1903-1905 Aleksander Żebrowski, a barokowe brzmienie przywrócił w latach 1965-1968 Robert Polcyn z Poznania. Organy mają łącznie 74 głosy, z czego 40 w organach głównych, i blisko 6000 piszczałek; największa piszczałka ma ponad 10 m. Od 1992 roku w bazylice odbywają się letnie międzynarodowe festiwale muzyki organowej i kameralnej. Klasztor przechodził zniszczenia w 1657 roku podczas najazdu Rakoczego oraz w czasie I wojny światowej, kiedy służył Austriakom jako twierdza i był ostrzeliwany. Przy klasztorze działa Muzeum Prowincji bernardynów. Sanktuarium odwiedza ponad 250 tysięcy osób rocznie.